Οι Mac που διαθέτουν Thunderbolt μπορούν να εκκινούν από εξωτερικές μονάδες Thunderbolt. Αυτό σημαίνει ότι θα μπορούσατε να εκτελέσετε μια πλήρη εγκατάσταση Mac OS X, Windows ή Linux από μια εξωτερική μονάδα δίσκου συνδεδεμένη σε Mac με συνδεσιμότητα Thunderbolt και, λόγω της ταχύτητας Thunderbolt, θα ήταν εξαιρετικά γρήγορη. Πόσο γρήγορα? Θεωρητικά, το Mac OS X που εκτελείται σε μια εξωτερική μονάδα Thunderbolt θα πρέπει να είναι εξίσου γρήγορη με την εκκίνηση από μια εσωτερική μονάδα δίσκου, αλλά η χρήση ενός εξωτερικού SSD θα ήταν στην πραγματικότητα ταχύτερη από έναν εσωτερικό σκληρό δίσκο που περιστρέφεται.

Αυτό ανοίγει επίσης την πόρτα για περαιτέρω επιλογές διπλής εκκίνησης του OS X, εκκίνηση πολλαπλών λειτουργικών συστημάτων και γενική εξαιρετικά γρήγορη επέκταση σε υλικό που διαφορετικά περιορίζεται με εσωτερικές επιλογές επέκτασης. Επί του παρόντος, το Thunderbolt έρχεται στα MacBook Pro και iMac, αλλά αναμένεται να κερδίσει περαιτέρω έλξη με τη συμπερίληψη στις επερχόμενες ανανεώσεις υλικού MacBook Air, Mac Mini και Mac Pro.

Η δυνατότητα εκκίνησης έχει επιβεβαιωθεί από την Anandtech, η οποία επαλήθευσε ότι οι εξωτερικές μονάδες Thunderbolt είναι εκκινήσιμες κατά την έρευνα της τεράστιας εγκατάστασης RAID Pegasus 12TB, που φαίνεται παραπάνω συνδεδεμένη με ένα MacBook Pro.

Αυτό βρέθηκε μέσω MacRumors, αναφέρουν επίσης ότι το Thunderbolt υποστηρίζει το Target Disk Mode, μια επιλογή που κατά τα άλλα περιοριζόταν σε Mac εξοπλισμένα με Firewire.

Ενημέρωση: Επίδειξη της ταχύτητας του Thunderbolt έναντι του FireWire και του USB 2.0 είναι αυτό το πρόσφατο γράφημα συγκριτικής αξιολόγησης από το MacWorld που δείχνει μια εξωτερική μονάδα Thunderbolt απίστευτες ταχύτητες:

Αυτές οι ταχύτητες ανάγνωσης και εγγραφής είναι εξίσου γρήγορες αν όχι μεγαλύτερες από πολλούς εσωτερικούς SSD!